La película empieza con la cruzifixión de un jesuita por parte de la tribu india a la que intentaba cristianizar.
El padre Gabriel emprende su viaje para sustituirle, cargado únicamente de un oboe y poniendo su seguridad en peligro.
De manera asombrosa, asciende las cataratas y, en medio de la selva empieza a tocar el oboe.
La tribu india, amenazando con sus armas empiezan a rodearlo, pero él sigue tocando. Al final quedan fascinados ante el oboe y le acogen. Él consigue convivir con ellos y poco a poco les abre al mundo civilizado.
Aquí es cuando tienen su primer encuentro con Rodrigo, un traficante de esclavos que irrumpe en la tribu en busca de mercancía, pero al ver jesuitas, tiene que regresar a casa.
Allí, Rodrigo sufre un "desamor" con la mujer a la que ama y su hermano, y tras un incidente que le lleva a matar a su hermano en un duelo justo, pierde las ganas de vivir.
Cuando Gabriel le visita, le propone penitencia, así que, a duras penas le convenze para que haga una penitencia exagerada hasta que él mismo se viera sin culpa.
Cuando su penitencia finaliza, le llevan hasta la tribu india, donde le guardaban un obvio rencor, pero al verle indefenso y con Gabriel, le acogen. Es un momento muy emotivo xD.
Allí, tras convivir con la tribu, recive el permiso para convertirse en jesuita y emprende la Misión de San Carlos.
Más tarde se inicia un juicio. Creo que juzgaban si los jesuitas debían seguir en la misión, ya que el territorio pasó de ser Español a Portugués.
Ahí se inicia una disputa sobre la exclavitud, que termina poniendo en furia a Rodrigo sobre una persona importante, ya que negaba que en España existiera exclavitud, cuando esa misma persona se beneficiaba de ello. (Rodrigo era traficante, así que lo tendría que saber de buena mano)
Ésto pone en riesgo a los jesuitas. Tras disculparse Rodrigo ante el hombre con el que discutió, emprenden a la Misión de San Miguel (la más antigua), a evaluar el transcurso de las misiones.
Al parecer, todo va bien, tienen buenas plantaciones, son buenos músicos, trabajadores, educación..

Sin embargo, Portugal? Decide acabar con el poder de los jesuitas y exigen que se abandonen las misiones.
El Padre de la misión de San Miguel y los padres de la misión de San Carlos regresan a la misión de San Carlos. Allí, se les exige a los indios que abandonen la misión, pero la noticia no es aceptada y deciden luchar por su hogar. En esta lucha les acompaña Gabriel, el cual lucha con su fe y sus rezos y Rodrigo, el cual lucha con espada.
El final de la guerra creo que es imaginable. Solo hay muertes, pero tanto jesuitas como indios mueren rezando y por consiguiente, felices.
Unos cuantos niños que sobreviven a la matanza emprenden un viaje, lejos de la civilización, en la jungla tropical.